Un bâtiment de la coopérative est dédié à la fermentation des fèves. 

Il est constitué de 3 rangées de caisses posées sur des gradins, le tout abrité sous un toit qui protège le contenu des caisses de la pluie.

L'opération de fermentation a 3 objectifs principaux :

- éliminer la pulpe mucilagineuse qui entoure les fèves afin qu'elles ne moisissent pas.

- détruire l'embryon afin que la fève ne germe pas.

- permettre les réaction chimique qui formeront les précurseurs de l'arôme du chocolat.

La fermentation se déroule en 2 temps :

- d'abord une fermentation alcoolique, anaérobie (en l'abscence d'oxygène), qui transforme les sucres de la pulpe en alcoolC2H12O6 → 2C2H5OH + Chaleur modérée

- puis une fermentation acétique, aérobie, qui transforme l'alcool fraichement formé en acide acétique : C2H5OH + O2 → CH3COOH + H2O + Chaleur importante

L'acide acétique pénètre dans la graine où il joue un rôle important dans la création des précurseurs d'arômes.