Le cacaoyer est un arbre de sous-bois. Pendant les premières années de sa croissance, il craint beaucoup le rayonnement solaire direct. Aussi, le cacaoculteur prend soin de lui offrir l'ombrage d'autres arbres qui, associés dans un système de permaculture à des plantes "amies" (légumes, bananiers...) recréent un écosystème plus proche de la forêt naturelle. La présence d'autres cultures permet aussi au cacaoculteur de ne pas dépendre exclusivement du cacao.

Le cacaoculteur entretient sa cacaoyère en appliquant les règles de l'agriculture biologique, sans usage de pesticides ou d'engrais "chimiques". 

Il arpente fréquemment sa cacaoyère, en plus de la récolte, pour, entre autres, entretenir le sol, adapter l'ombrage à la croissance du cacaoyer et éradiquer les cabosses malades (champignons ou attaques d'insectes) afin d'en limiter la prolifération. L'organisation de la cacaoyère ne permettant pas la mécanisation, la pratique culturale est très chronophage. 

L'abattage des cacaoyers qui ne produisent plus, la plantation de jeunes plans sélectionnés constituent aussi des activités courantes...