La récolte des cabosses est une opération saisonnière, même si dans les régions équatoriales elle s'étend sur une bonne partie de l'année. On distingue deux périodes de récoltes :

- la récolte principale, de Mars à Juin qui représente 60% de la récolte annuelle.

- la récolte secondaire, d'Octobre à Février où la production est moindre et représente 40% de la récolte annuelle.

Le rendement annuel d'une cacaoyère de Nacional est compris entre 300 kg et 500 kg par hectare. Les cacaoyères font en général moins de 5 ha. 

Elle se pratique à l'aide d'une machette. On ne prélève que les fruits mûrs (cabosses). Il faut sept à huit mois au fruit, depuis l'embryon, pour atteindre sa maturité. Il passe alors du vert au jaune.

La présence sur le même arbre de fleurs, de fruits immatures et de fruits mûrs demande de récolter avec grand soin.

Les cabosses sont alors rassemblées en tas en vue de l'écabossage.